科技大學與一般大學的物理治療學系為專業養成教育，提供高中職畢業生物理治療專業啟蒙的課程，著眼於培育學生為術德兼備之物理治療專業人才，期盼學生畢業時，具有初級物理治療師應具備之專業人文素養與專業知能，可以立即投入職場，提供民眾適時的物理治療專業服務。課程設計包含有人文通識課程、基礎醫學教育課程、物理治療技術課程、物理治療專科知能統整課程以及全年的臨床實境實習課程。

相同處：科大物治系與一般大學物治系修習的物理治療專業課程均為一致，最後一年臨床實習課程於各教學醫院夥同其他學校一起進行，最後報名相同的國家執照考試，應徵相同的工作機會。

相異處：科大著重於應用面，選修課程較偏向於實做應用的課程，高教體系會增加多一些學術研究課程，但是差異會因學校而異。